La Asamblea General es la autoridad máxima de la cooperativa y está compuesta por los asociados que hoy en día son 70. 

Los acuerdos tomados en asambleas ordinarias y extraordinarias, al ser la expresión libre y democrática de la mayoría, son de acatamiento obligatorio para el resto de los miembros de la cooperativa.

En la asamblea cada asociado tiene voz y voto; además del derecho de petición el cual consiste en la posibilidad de solicitar a cualquiera de los tres cuerpos directores, o la gerencia general, información sobre sus acuerdos y actuaciones.

COOPETRABASUR celebra en marzo de cada año su asamblea ordinaria y en el mes de septiembre una asamblea extraordinaria; en esta última se informa el avance de los negocios alcanzado a mitad de periodo, se presentan informes de la gerencia general y un resumen de los acuerdos más importantes tomados hasta la fecha por el Consejo de Administración y los Comités de Vigilancia y Educación.

La Asamblea General de Asociados puede ser convocada de forma extraordinaria en cualquier momento cuando así lo requieran las circunstancias.

Este órgano tiene el poder de conocer y resolver acerca de los informes del Consejo de Administración, Gerencia, Comités y Comisiones, además conoce el plan de actividades anuales y presupuestos de las operaciones e inversiones entre otros.

También es responsabilidad de la Asamblea General, resolver sobre la remuneración laboral a los asociados y nombrar los miembros del Consejo de Administración, Comités de Educación, Vigilancia y Comisiones.