La Asamblea General nombra al Comité de Vigilancia compuesto por 3 miembros por un periodo de 5 años.

A este órgano le corresponde el control, supervisión y evaluación de las operaciones de la cooperativa; debe fiscalizar además todas las cuentas y operaciones contables y financieras realizadas por la organización.

El Comité de Vigilancia también verifica que las acciones del Consejo de Administración, Gerente y otros comités; estén acorde a la ley y reglamentos de COOPETRABASUR.

Este comité tiene el poder de proponer la exclusión de funcionarios o asociados que hayan cometido actos que estén en contra de los intereses de la cooperativa.

El Comité de Vigilancia se reúne como mínimo una vez por mes y rinde anualmente un informe a la Asamblea General.