El Consejo de Administración es el primer órgano de la cooperativa en el que la Asamblea General delega su autoridad.

Este Consejo es responsable de definir el camino que la cooperativa tomará en el campo social, para lo cual fija las metas y establece reglamentos para el desarrollo y progreso de COOPETRABASUR.

El Consejo de Administración está integrado por siete miembros, cinco son titulares y dos suplentes; electos por la Asamblea General por periodos de dos años con la posibilidad de ser re-electos.

Este órgano se reúne como mínimo una vez al mes y dentro de sus obligaciones destacan velar por que se cumplan los objetivos de la cooperativa, lo dispuesto en el estatuto social de COOPETRABASUR, los acuerdos de la asamblea y sus propios acuerdos.

El Consejo de Administración decide sobre la admisión y renuncia de asociados; además, a solicitud del Gerente, nombra y remueve el personal del área administrativa. 

Este cuerpo también tiene la facultad de recomendar a la Asamblea General la forma de distribuir los excedentes y el pago de intereses producto de las actividades económicas de la cooperativa.

Sobre el Consejo de Administración recae además la responsabilidad de nombrar al gerente de la cooperativa, analizar las faltas de los asociados y sus posibles sanciones, así como aprobar el presupuesto anual y resolver sobre aquellos rubros no presupuestados; entre otros.